Született a Bereg megyei Vámosatyán 1946. március 27-én. Nős. Felesége Dr. Czeglédy Mária (sz. 1950) gyermekfogszakorvos. Három gyermekük van: Gerzson (sz. 1979), Botond (sz. 1982) és Veronika (sz. 1985).
Az általános iskolát Nagydoboson és Nagyecseden végezte 1952 és 1960 között, a középiskolát a Debreceni Református Kollégium Gimnáziumában 1960-tól 1964-ig. Itt érettségizett 1964-ben kitűnő eredménnyel. A Kossuth Lajos Tudományegyetem matematika-fizika szakán szerzett középiskolai tanári diplomát (1965-1970), majd ezt követően elvégezte a Debreceni Református Teológiai Akadémia nappali szakát (1971-1976). Az Egyházak Világtanácsának ösztöndíjával 1976/77. tanévben az Edinburghi Egyetem Teológiai Fakultásán tanult. 1977-ben Debrecenben letette az első, 1978-ban a második lelkészképesítő vizsgát, melynek alapján református lelkészi oklevelet kapott. 1979-ben szentelték lelkésszé.
Az egyetemi tanulmányok megkezdése előtt vasúti pályamunkásként dolgozott. Az 1970 és 1987 közötti években egykori iskolájának, a Debreceni Református Kollégium Gimnáziumának matematika-fizika szakos tanára volt. Közben 1974-82-ig a gimnázium igazgatóhelyettese, majd 1982-87 közötti években igazgatója. 1977-től 1987-ig a Debreceni Református Kollégium főigazgatóhelyettese, 1987-től 1991-ig pedig annak főigazgatója volt a Zsinat választása alapján. 1991-ben Amerikába kapott meghívást kutatói munkára. – Miután 1985-ben megszerezte a legmagasabb teológiai tudományos fokozatot, 1987-ben a Teológiai Akadémia Rendszeres Teológiai Tanszékének rendes tanárává választották. Kétszer töltötte be a dékáni tisztet, 1988-89-ben és 1994-95-ben. Három éven át dolgozott prodékánként.
Az MTA Vallástudományi Tudományos Minősítő Bizottságának tagja volt az 1989 és 1995 közötti években. 1998-ban az MTA Doktori Tanácsa a Vallástudományi Szakbizottság tagjává választotta az 1999. év végéig.
Az 1994/95. tanévben a Debreceni Universitas Egyesülés Igazgatótanácsának elnökévé választották. Ugyancsak választás alapján ő töltötte be az MTA Debreceni Akadémiai Bizottságának főtitkári tisztét 1993 és 1999 között.
1996-ban a Magyar Országgyűlés által meghozott új Felsőoktatási törvény szerint a Debreceni Református Teológiai Akadémia fölvette a Debreceni Református Hittudományi Egyetem nevet. Rövidítve: DRHE. Gaál Botond 1987-től ennek az egyetemi szintű felsőoktatási intézmények volt a tanszékvezető tanára a Dogmatikai Tanszéken. Professzori kinevezését 1999-ben a Magyar Köztársaság elnöke is megerősítette.
A Református Egyház Doktorok Kollégiumának tagja 1985-től
A Princetoni Center of Theological Inquiry (USA) tagja 1991-től
Az American Scientific Affiliation tiszteletbeli tagja 1992-93-ban
A Debreceni Szemle Kuratóriumának és Szerkesztőbizottságának tagja 1993-tól 2023-ig
A European Society for the Study of Science and Theology (ESSSAT) alapító tagja, majd a Tudományos Tanácsának választott tagja 1994-től 2002-ig.
A Magyar Felsőoktatás lap szerkesztőségének tanácsadó tagja 1995-től 1999-ig
A Tehetséges Debreceni Fiatalokért Közalapítvány Kuratóriumának elnöke 1995-1999 között
A Debreceni Egyetemi Atlétikai Club (DEAC) elnökségi tagja 1996-tól 2001-ig
A Debreceni Magyar-Zsidó Tudományos és Kulturális Társaság elnöke 1997-től 2004-ig
A Debreceni Egyetem Sportbizottságának elnöke 2000-től 2001-ig
A Magyar Professzorok Világtanácsának elnökségi tagja 2000-től megszűnésig
A DRHE Doktori Iskolájának vezetője 2001-től 2015-ig
A DRHE Doktori Tanácsának elnöke 2001-től 2015-ig
A Debreceni Egyetem Doktori Tanácsának külső tagja 2004-2007 és 2014-2017
A Heidelbergi Egyetem Templeton Doktori Programjának bírája 2006-2009
Az Országos Doktori Tanács alelnöke 2008-tól 2010-ig
A Debreceni Egyetem Bölcsészettudományi Kara Doktori Tanácsának tagja 2009-2012 és 2014-2017, valamint a Habilitációs Bizottságának tagja 2017-től mindmáig.
1985-ben szerezte meg a teológiai doktori fokozatot summa cum laude minősítéssel, 1986 februárjában avatták doktorrá a Debreceni Református Teológiai Akadémián. A Magyar Akkreditációs Bizottság 1997. február 28-án doktori fokozatát PhD-vé minősítette át. Mivel 1987-ben nyert kinevezést, az 1993. évi Ftv. szerint habilitált egyetemi tanárnak volt tekintendő, ennek ellenére 2000-ben megszerezte szaktárgyából a Dr. habil és az egyetemi magántanári címet a budapesti Károli Gáspár Református Egyetemen. Ő volt a rendszerváltás után a Református Egyház első habilitált doktora. 2008-ban vallástudományi interdiszciplináris teljesítménye alapján a Magyar Tudományos Akadémia doktora (DSc) címet is elnyerte. 2015-ben a Kolozsvári Protestáns Teológiai Intézet tiszteletbeli professzorává választotta. 2023-ban a márciusi nemzeti ünnep alkalmából Orbán Viktor miniszterelnök javaslatára Novák Katalin köztársasági elnök Széchenyi-díjjal tüntette ki a „Magyarország számára kivételesen értékes, több évtizedes oktatói és kutatói tevékenysége, a keresztyén gondolkodás és a modern természettudományok kapcsolatának református történeti és elméleti alapjának kidolgozása terén kiemelkedő szakmai munkája elismeréseként.”
Teológiai kutatási területei elsősorban az ekkléziológia, a sákramentumok és a reformátori teológia területére esnek. Természettudományos előképzettsége folytán kiemelten foglalkozik a keresztyén gondolkodás és a kortárs természettudományok kapcsolatának vizsgálatával. E téma kutatására kapott meghívást Princeton, NJ-be (USA), s az 1991/92. akadémiai évet, valamint az 1999. évi őszi szemesztert és 2006-ban a nyári hónapokat a Center of Theological Inquiry kutatóintézetben töltötte. A Rendszeres Teológia tárgykörén belül 1987-től tanított dogmatikát, teológiai enciklopédiát, hitvallásokat, tudománytörténetet és filozófiatörténetet. 1993-ban a Debreceni Universitas keretében, de saját tanszéke gondozásában létrehozta a Hatvani István Teológiai Kutatóközpontot az egzakt tudományok és a teológia kapcsolatának vizsgálatára, valamint e témában kiemelkedő természettudósok, filozófusok és teológusok kétévenkénti, ökumenikus találkozójának megszervezésére. A kutatóközpont munkáját több száz könyvének és e tárgybeli egyéb anyagának adományozásával indította el. A kétévenként megszervezett Tudomány és Teológia Konferencia (1993, 1995, 1997, 2000, 2001, 2003, 2005, 2007) országosan is magas érdeklődésnek örvendett. Tizenhat akadémikus, valamint számos kiváló természettudós és neves teológus tartott előadást, hazaiak és külföldiek egyaránt e tudományos találkozókon.
1982 és 1988 között megindította a Debreceni Református Kollégium Gimnáziumának évkönyvsorozatát. A tudományos jelleget is képviselő sorozat első három kötetét ő szerkesztette. 1993-ban megírta a református lelkészképzés reformtervezetét, annak alapelveit és valamennyi lényeges szabályzatát tartalmazó alapdokumentumot mintegy 200 oldalban. 1995-ben elkészítette a Református Egyház Zsinatának felkérésére a református felsőoktatási intézmények törvénytervezetét, amelyet elfogadás után még abban az évben a Zsinat életbe léptetett. 1996-ban az Országos Református Tanáregyesület kérésére Etikai Kódexet írt a református nevelők számára. A Hatvani István Teológiai Kutatóközpont gondozásában megindította a Tudomány és Teológia konferenciakötetek sorozatát, melyből immár öt megjelent. 1988 óta élharcosa volt a magyarországi egyetemek Universitássá szervezésének az egységesen klasszikus egyetemi minta szerint.
A Hatvani István Teológiai Kutatóközpont keretein belül új sorozatot indított tudományos teológiai művek kiadása céljából. Eddig kilenc kötet jelent meg, ő írta a Kálvin ébresztése (2010), a Kis tanszékből nagy egyetem (2012) és A természettudományok oktatása és művelése a Debreceni Kollégiumban (2012) című könyveket. Az első kötet bővített változata megjelent angolul Awakenings as inspired by John Calvin címmel 2017-ben a Reformáció 500 éves évfordulójára.
Könyveinek, könyvfejezeteinek, lektorált és nem lektorált tanulmányainak, valamint szerkesztett műveinek és szakmaspecifikus alkotásainak száma közel 400.
Ebből
- 16 könyv szerzője
- 5 könyvfejezet szerzője
- 6 könyv szerkesztője
- 151 lektorált tanulmány szerzője
- 187 nem lektorált (ismeretterjesztő) tanulmány szerzője
- 17 egyéb szakmaspecikfikus alkotás szerzője
- Öt legjelentősebb műve: (1) Az ész igazsága és a világ valósága (2003); (2) A zárt világ felnyitása (2007); (3) A természettudományok oktatása és művelése a Debreceni Kollégiumban (2012); (4) A keresztyén tanítás rendszere (2022); (5) A nemzetek apostola, Pál (2024).
14 doktorandusz hallgató szerezte meg vezetésével a PhD fokozatot.
Hollandiában (Broekelen, 1984; Enschede, 1988; Hoeven, 2000; Nijmegen 2002; Doorn 2011), – Németországban (Hilden, 1979; Freising, 1994; Heidelberg, 1999, 2006; Emden, 2003; Regensburg 2004, 2009; Halle-Wittenberg, 2012), – Franciaországban (Klingenthal, Goethe Institut, 1987; Strasbourg, Európa Tanács, 1996; Párizs UNESCO, 2000; 2005; 2006; Lyon, 2000), – Svájcban (Rüschlikon, 1989; Genf, 2010) – Romániában (Erdélyben) (Kolozsvár, 1995, 2010; 2015; Sepsiszentgyörgy, 1997; Nagyvárad, 1997, 1998, 2001, 2002, 2005; 2023; Bánffyhunyad, 2000; Szatmárnémeti, 2017), – az USA-ban (New Concord, OH, 1980; Princeton, NJ, 1991, 1992, 1999, 2001, 2006; Richmond, VA, 1992; New York, 1999, 2006; Charlotte, NC, 1999, Ligonier, PA, 2006), – Kanadában (Ancaster, Ontario, Pascal Centre, 1992), – Lengyelországban (Krakow, 1996), – Dél-Koreában (Seoul, 1990; 2005; Daegu 2005), – Tajvanon (Taipei, Academy of Sciences, 1996), – Dél-Afrikai Köztársaságban (Stellenbosch, 1997), – Szlovákiában (Komárom, 1997, 2011; 2017; Kassa 2017; Ruzomberok, 2006; Ruzsbachfürdő, 2010) – Angliában (Durham, 1998; Oxford, 1998) – Kárpátalján (Munkács, 1994).
1998. január 1-től 2001. december 31-ig Széchenyi Professzori Ösztöndíjas egyetemi tanár.
2005. február 15: The Global Perspectives on Science and Spirituality Award from the Université Interdisciplinaire de Paris and Elon University, North Carolina, USA. (Ez egy olyan díj, amellyel beválasztották a világ tíz olyan legjobb tudósai közé, akik interdiszciplináris eredményeikkel a keresztyén gondolkodás és a természettudományok kapcsolatának szakterületét magas szinten művelik.)
2003-ban Hutzler Izabella III. díj;
2005-ben Hotorán Gábor II. díj;
2007-ben Petró László III. díj;
2011-ben ifj. Peleskey Miklós III. díj.
2015. július 1-től nyugalomba vonult.